與《刀狩令》在歷史上多次一次出現不同的是，《海賊停止令》在日本史上第一次出現。
在日本史（特別是南北朝時代以后）中的海盜，大多是領地臨海的豪強。
他們如大名擁有領地，在海上擁有地盤（海上權、海上支配權），并且擁有相互的聯合組織等，在一定規模的組織中活動著。
因此，就像國人眾和一向眾（不是一向宗）那樣，從性質上來說他們與單純的海盜是需要區分開的，他們也被稱為“海賊眾”。
當然他們也會像一般意義上的海盜一樣，有時會襲擊沿岸地區和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委托進行船舶的警衛（警固）也是主要活動之一。
特別是室町幕府在勘合貿易時，幕府被迫承認他們的合法性，賦予他們警固海面的任務。因此海盜們也被稱為“警固眾”。
與此相關，他們以護衛名義收取的金錢被稱為“警固費”，為了警固的委托和收費而設置在登陸港等地的設施被稱為“警固關”。
室町時代后期幕府的權威衰退，權力分散后，各地的海盜們也進行了政治上的自立，不再是服從某個大名，而是作為對等的關系，或者雇傭兵行動，作為與大名等獨立的組織活動。
因此，根據時勢隨機應變地改變支持大名的情況也經常發生。
而造成這樣的一個可能因素是，由于社會貨幣經濟、物流的改變等，貿易收入開始超過土地的糧食產出，而海賊眾們的警固費收入增加。
到了戰國時代后期，有力大名將海賊眾臣屬化作為水軍的情況也變多了，宇喜多家最初控制的岡山眾就是原本鹽飽水軍的下級海賊眾。
后來隨著宇喜多家的逐漸強大，勢力橫跨瀨戶內海兩岸，就連鹽飽水軍自身都不得不臣從秀家。
就連瀨戶內海西側的原本屬于毛利家配下的村上水軍，也因為秀家控制尹予被一分為二，領地在尹予的海賊眾成為了秀家的下屬。
秀吉下達的《海賊停止令》，要求全日本的水軍眾停止從事海賊行為跟終止征收帆別錢、警固料的權利，也對走私交易進行杜絕，將日本的對外貿易統合于朱印船貿易，及授權給特定的大名對外進行貿易。
秀吉在《海賊停止令》中的措辭非常嚴厲，只給了海賊們一下三種選擇：
其一，對于特定的擁有極大勢力的海賊頭領，被要求成為豐臣政權體制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，對于擁有一定勢力的，但是并不屬于號令一方的存在，并且距離豐臣家直領較遠的海賊被要求成為特定大名的家臣團，如村上及鹽飽水軍；
其三，要求海邊零散的海賊眾，這些多是臨海漁村的漁民兼職的活計，他們被要求放棄武裝，成為農民。
當然還有第四條，就是不選擇以上三條路的海賊，全部被要求就地處死。
這兩條政策看起來是穩定治安的政策，實際上是秀吉通過又有法律效力的紙面文書，正是確立了武士和平民之間的界限，為下一步進行全國性質的兵農分離打下基礎。
與這兩道軍事相關的政策同時頒布的，還有針對切支丹的《伴天連追放令》、針對貿易的《樂市令》以及針對知行統計的《天下檢地令》。
“伴天連”是葡萄牙語“Padre”的日語漢字翻譯，意為神父或傳教士，“追放”則是放逐的意思。
由于當時傳入日本的基督教宗派只有天主教會，因此該法令實際上系針對來自西班牙、葡萄牙等天主教國家的商人及傳教士而來。
歷史上的《伴天連追放令》下達于天正15年（1587年）六月十八日，這一世的這條法令卻整整晚了一年有余。
與之相應的是，與歷史上秀吉對于大名和武士相對寬容的態度不同的是，秀吉此次《伴天連追放令》比歷史上強硬了很多。
歷史上的《伴天連追放令》主要約定了一下幾點：
（1）普通民眾有權利選擇自己的信仰，政府不會進行干預；
（2）領地的治理者，不論是大名還是地侍都不能因為自己信仰切支丹而要求領民改信切支丹；
（這條明顯的po高山右近的，歷史上高山右近被處置也是因為在《伴天連追放令》下達后依然逼迫領民改信切支丹。）
（3）大名如果出現交替、、繼承、轉封的情況，民眾不會再隨之轉封，不會影響領內民眾的信仰；
（4）知行超過200町，或收入3000貫以上的大名，如果要成為基督教徒，只要得到秀吉的許可就可以；
（5）知行地比這少的武士，所以可以根據本人的想法，隨意改信佛教或者神道宗門；
（6）由于有一向宗推翻富堅氏對加賀的統治，并且覬覦越前之事在前，禁止大名以知行加封為誘餌，或者以減封改易為威脅，要求家臣改信切支丹；
（7）把日本人賣給中國、南蠻、朝鮮半島是不應該的。因此，在日本禁止買賣人。
（8）牛馬對于日本來說是重要的農業工具，而像切支丹那樣買賣牛和馬來吃，這也是不合理的。
一律以這些條文嚴加禁止，如有違犯者即嚴懲。
而這一世的秀吉在對以上的第（1）、（3）、（4）、（6）進行了變更：
（1）原本已經信仰切支丹的民眾被允許保留信仰，但是不準再允許伴天連們發展新的信徒。
切支丹和切支丹結親的，生下的孩子可以繼續信奉，切支丹和其他信仰的對象結親的，生下的孩子不能再信奉切支丹；
（3）大名如果出現交替、繼承、轉封的情況，民眾要么隨著先代主君轉封，要么就地改信佛教或神道宗，都不愿意的需向官府提出申請，經批準后遷移至依然接納切支丹的大名領內。
（4）知行超過知行超過200町，或收入3000貫以上的大名，或者知行超過80町收入超過1000貫的武士，在經過秀吉批準之后才能繼續信奉切支丹，不然必須在限期內改信；
（6）天下各大名，需要嚴格限制領內切支丹家臣的數量，必須要留下接納的也需要進行約束，經統計后上報秀吉核準。
從以上這些條例的修改可以看出，秀吉對于切支丹的警惕性比歷史上高好多，歷史上的秀吉對于切支丹雖然進行了一定的限制，但是并且有徹底堵死，特別是在民眾的信仰上。
而這一世的秀吉對于切支丹的態度格外嚴厲，對信奉切支丹民眾在基數上進行了限制，切支丹只有和切支丹成親子嗣才能繼續信奉切支丹，不然就必須改信，就從源頭上封印了切支丹信眾的上限。
包括第（3）點也是對切支丹信眾進行了約束，將他們這群人制約在特定的地區，而當領主不再接納切支丹后，他們要么改信，要么居家遷移。
正所謂故土難離，離開了土地的信眾就是流民，到了新領恐怕過得還不如乞丐，秀吉希望用這條政策，減少現今信奉切支丹的人數。
同時，秀吉對于大名秀吉也比歷史上嚴格好多，歷史上的秀吉只是要求大名們有新出現想要改信切支丹的，報他批準就行，對于已經改信的并沒有進行限制。
但是這一世，直接要求天下所有大名，不論是已經改信的還是即將改信的，都需要經過他的同意，不然就必須限期改信。
第（6）條更是要求其麾下的大名，幫助其對領內信奉切支丹的武士進行約束，很多大名都會因為懼怕秀吉的威嚴，或者懶得惹麻煩而要求已經信奉切支丹的武士改回信仰。
對于這些大名來說，如果出現不愿意改信的武士，正好可以以此為借口收回他們的知行，擴大自己的實力。
對于秀家來說，這道命令的影響力還好，因為秀家已經預料到這種情況的發生，將領內的切支丹領民大部分流放到了蝦夷地。
現如今秀家正好可以借著《伴天連追放令》，強制將賴在土地上的切支丹民眾裝船北運。
如果說一定有影響的話，就是那些改信了切支丹的武士，過去秀家對于他們的信仰沒有依據進行限制。
限制隨著《伴天連追放令》是下達，秀家不僅可以對他們進行約束，在暗示他們接受轉封琉球或者蝦夷的安排，還能表現出這是對他們信仰私底下的接納，使得他們對秀家感恩戴德。
唯一比較麻煩的是向明石全登這樣的重臣，他的能力即便放在日本都是拔尖的，秀家不愿意刻意迫害逼迫他改信，搞不好直接把人給搞走了。
那么只剩下一條路了——假意改信。
秀家只能代其上報已經改信，并且私底下通知他以后低調一點，不要刻意的展現出切支丹的信仰，當然這一切都是打著保護他的名義。
如果說《伴天連追放令》對秀家來說的好處的話，就是秀家終于可以有明面上的理據，來限制切支丹在蝦夷的發展。
《伴天連追放令》的下達，在短時間內引起了不小的波瀾，特別是切支丹信徒遍布的九州地區，引發了一場席卷整個九州的一揆。
據說參與叛亂的民眾數量超過10萬眾，以至于就封在九州的大名甚至沒有能力進行鎮壓，以小早川隆景為首的外樣大名聯名上書秀吉，請求秀吉暫緩《伴天連追放令》的事實。
最后秀家不得不對《伴天連追放令》進行修改，暫時允許普通民眾繼續信奉切支丹，但是武士階級必須進行約束，如果不愿意改變信仰的，就褪去武士的身份成為平民。
同時秀吉接納了第一批允許繼續接受切支丹信仰的名單，其中就有大友家，這就使得九州的切支丹民眾蜂擁入北日向和豐后，短期內刺激了大友家的經濟。
但是事實上，大友家現任家督大友義統是不信切支丹的，跟從他的家臣也大多信奉佛教，反倒是老家主大友宗麟是切支丹信徒，秀吉的這道命令為今后豐后動亂，大友家改易埋下了禍根。
與秀家多年內，不斷的堅持清除領內切支丹信仰不同的是，天下大名過去普遍對切支丹信仰不加以約束，這就是的切支丹在日本各地深根發芽，從下至上的腐蝕日本。
因此當時限差不多到的時候，別國或多或少的上報了百余名家內信奉切支丹的武士，而橫跨瀨戶內海，雄霸西國的岡山藩總共上報切支丹武士32名！
秀家的表現在之后新春賀喜中得到了秀吉的廣泛贊譽，但是也為其打上了反切支丹大名的標簽，使得秀家在之后與南蠻商人做生意的時候遇到了許多阻礙。
其實秀吉下達《伴天連追放令》的目的是將西方人的傳教和貿易區分開，但是以西班牙為首的南蠻商人，是極度狂熱的西切支丹信徒，他們的貿易的本質是為了配合伴天連們打開日本的信仰封印，通過同化日本人，打開更大的商品市場。
秀吉的《伴天連追放令》下達之后，使得之后兩年南蠻商人銳減，進口貨物大量減少，西班牙商人們似乎是想要以此來向秀吉施加壓力。
但是之后隨著葡萄牙和荷蘭商人的進駐，這些將錢財看得比信仰更重的純粹的商人，很快彌補了西班牙商人退出后的市場。
而這也進一步導致了1641年，西班牙東亞商會和荷蘭東印度公司之間“圣薩爾瓦多城之戰”的爆發。
在《伴天連追放令》的巨大影響掩蓋下，《樂市令》的頒布就顯得有些孤陋寡聞了。
現在很多人喜歡把“樂座”與“樂市”混在一起談，是因為受到了暗榮《太閣》游戲的影響。
游戲中有一張卡片被稱為“樂座樂市”，意思是能吏通過限制大商人，鼓勵小商販刺激了經濟，增加的領地的貿易收入，與現在的“小微企業扶持政策”差不多。
但是實際上，“樂座”和“樂市”是完全分開的，而且是相矛盾的！
由于他們的在性質上有一定的矛盾性，基本上不可能同時頒布這兩條詔令！
在當時的社會上，“座”就是大集團、大商號，所謂的“樂座”是給予大座商特許經營，也就是游戲中的御用商人。
而“樂市”類似劃定一片特定的區域，讓手工業這、普通農戶直接將手中的貨物出賣給其他需要的人。
也就是說“樂座”類似于“鹽鐵煙酒專營”，只是覆蓋的商品更加廣泛，客戶面更大而已。
而“樂市”相當于后世的廠家（原產地）直銷，沒有中間商賺差價，同時廠家多賺點利潤這樣。
而秀吉此次頒布的樂市令，就是在自己的直轄領各國主要城的城下町內劃定特別的區域，在每個月特定的日子里，允許繳納了入場錢的民眾直接和消費者做生意，有點像“趕集”。
從其只劃定特定的區域，以及每個月特定的時間來看，秀吉依舊倚重大座商，不敢侵犯他們的利益，本質上這個《樂市令》只不過是秀吉與商人們商量好的，釋放給普通人的一點小恩惠罷了。
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